Die Struk­tur­kom­mis­sion ist die größte Kom­mis­sion des Senats und mithin die ein­fluß­reichste der Uni­ver­sität. Als Tübinger Spe­zia­lität gibt es an anderen Uni­ver­si­täten ver­gleich­bare Ein­rich­tungen wenn über­haupt erst seit ein paar Jahren. Ihr gehören durch den Senat bestimmte Mit­glieder, u.a. 4 Stu­die­rende und das kom­plette Rek­torat an.

Die Struk­tur­kom­mis­sion stellt in gewisser Weise einen Senat ohne die Dekane dar und arbeitet alle Vor­schläge, die die Beset­zung von Pro­fes­suren und die Struk­turen der Fächer betreffen, aus. Sie gibt ihr Votum dafür ab, wie und wann eine Pro­fessur aus­ge­schrieben werden kann – d.h. sie dis­ku­tiert die Anträge der Fakul­täten auf “Frei­gabe” einer Stelle und bespricht deren inhalt­liche Aus­rich­tung bevor der Senat darüber ent­scheidet. Umge­kehrt beschließt sie aller­dings nicht über deren tat­säch­liche Beset­zung. Die Kom­mis­sion bespricht auch die Vor­schläge der Fakul­täten, neue For­schungs­be­reiche zu schaffen oder beste­hende umzu­ge­stalten.
Eine weitere Aufgabe dieser Kom­mis­sion ist die Ent­ge­gen­nahme und Bear­bei­tung der Struktur-​​ und Ent­wick­lungs­pläne. Alle wich­tigen Struk­tur­ent­schei­dungen der Uni­ver­sität, wie z.B. Fakul­täts­neu­glie­de­rungen etc.,  müssen durch die Strukturkommission.